尽管国家和湖南省对洞庭湖水危机问题高度重视，曾多次采取专项整治遏制湖区水环境恶化的趋势，但长期以来“固化”形成的湖区发展模式并没有得到根本扭转。在治理与污染的赛跑中，洞庭湖水生态环境日趋恶化所引起的水危机现象主要有以下三个方面：

一是有水不能喝。湖南省洞庭湖生态环境监测中心提供的多年监测数据显示，从2013年起洞庭湖出口断面再度出现五类水质。而长期的趋势分析也显示洞庭湖整体水质在恶化。1990年至2002年，洞庭湖湖体、出湖口断面各时段水质中，二至三类水质占比为37%，四、五类分别占53%和10%，没有出现过劣五类水质；而在2003年至2013年的十年中，劣五类水质占比已达到5%，四、五类水质分别为49%和46%，二、三类水质断面已经消失。与外湖水体相比，湖区垸内内湖、沟渠水体的污染更为严重。在南县南茅运河、五七运河、安乡县珊泊湖等地，很多沟渠严重淤塞、杂草丛生，沟港哑河水体发黑发臭，水面上漂浮着厚厚一层绿色藻类。地表水不能饮用，地下水也受到严重影响。在南县浪拔湖、华阁等乡镇，原来广泛使用的“摇把子井”早已取不到水，深层地下水位也逐年下降。此外，湖区地下水铁、锰元素严重超标，养殖业无序扩张造成地下水源出现氨氮超标100多倍。

二是来水量锐减。以联通江湖的藕池河水系为例，三峡工程建成前藕池河每年断流180天左右，建成后平均每年断流250多天，其中藕池河中支最多一年断流301天。湖区干旱缺水，与当地江湖关系发生巨变、上游来水量锐减、地表水水量不足、地下水水位下降有着重要关系。“八百里洞庭”的南水是湖南境内四大水系湘、资、沅、澧，北水是从太平、松滋、藕池三口注入的长江水。近年来，这两股水的入湖量都在急剧下降，长江来水尤甚。湖南省水利厅提供的数据显示，上世纪50年代，长江水入湖量年均1331.6亿立方米，三峡工程建成后，这一数据减少到500.2亿立方米，洞庭湖水面面积萎缩了335平方公里。尤其明显的是，每年9月至10月三峡水库一开始蓄水，洞庭湖城陵矶水位比天然情况降低约2米。受此影响，洞庭湖提前近2个月进入枯水期，从11月中旬提前到了9月下旬。

三是水质严重污染。从当年大规模“围湖造田”，到改革开放后湖区农民大量施用农药化肥，再到生猪、水产养殖业无序扩张，一系列无计划无节制的开发严重破坏了洞庭湖的生态平衡，也造成了今天的环境困局。来自长三角、珠三角和省内长株潭地区污染转移现象频频发生，一些地区新兴的产业园区也成为污染“重灾区”。如岳阳市云溪区，仅化工企业就有上百家，区内松阳湖已成为湖区一个污染极为严重的“毒瘤”。洞庭湖区的临澧县柏枝乡一家大型养猪场外侧，厂区内棕黑色污水正源源不断倾入厂区外的池塘内，池中淤积大量黑色污染物，阳光照射下污泥散发刺鼻恶臭，一里路外闻之都令人作呕。池塘周边若干沟渠与外界水系相连，污水随之流出，最后汇入澧水进入洞庭湖。在湖区随处可见大大小小的养殖水面，仅常德市养殖水面就达150万亩。为追求产量，上世纪80年代起，湖区养殖户们就采取向水体投肥的养殖模式，近年来愈演愈烈，高峰时每亩水面的年投肥量达到接近500公斤，大量氨氮超标的废水最终流入洞庭湖。